Kraj představuje geograficky poměrně uzavřený celek, jehož jádro tvoří jihočeská kotlina. Na jihozápadě je obklopena Šumavou, na severozápadě výběžky Brd, na severu Středočeskou žulovou vrchovinou, na východě Českomoravskou vrchovinou a na jihovýchodě Novohradskými horami. V jihočeské kotlině se rozkládají dvě pánve, a to Českobudějovická a Třeboňská.
Území kraje náleží do povodí horní a střední Vltavy s přítoky Malší, Lužnicí, Otavou a mnohými dalšími. V minulosti zde bylo vybudováno přes 7 000 rybníků, jejichž celková výměra dnes představuje více než 30 tis. hektarů. Největšími nejen v kraji, ale i v České republice jsou rybníky Rožmberk s rozlohou 490 ha, Bezdrev se 450 ha a Horusický rybník se 415 ha. Kromě toho byla na území kraje vybudována velká vodní díla: Lipno (4 870 ha) – největší vodní plocha v České republice, Orlík s rozsáhlými rekreačními oblastmi a Římov zásobující pitnou vodou značnou část kraje. V souvislosti s výstavbou jaderné elektrárny Temelín byla vybudována vodní nádrž Hněvkovice.
Městskými památkovými rezervacemi jsou historická centra měst České Budějovice, Český Krumlov (zařazeno mezi památky UNESCO), Jindřichův Hradec, Prachatice, Slavonice, Tábor a Třeboň. Kromě toho je v kraji celá řada historických pamětihodností, například hrad a zámek v Českém Krumlově a Jindřichově Hradci, zámky Hluboká nad Vltavou, Orlík, Blatná, Červená Lhota a hrady Zvíkov a Landštejn. Významná je též lidová architektura, především tzv. „selské baroko“. Mezi nejznámější památky tohoto druhu patří náves v Holašovicích (okres České Budějovice), která byla v roce 1998 zařazena mezi památky chráněné UNESCO.